Nach den Ereignissen während des Rückblicks in Silent Möbius: The Motion Picture hat Katsumi nur noch eines im Sinn: So schnell wie möglich aus dieser schrecklichen Stadt zu verschwinden, in der sie niemanden kennt und keine Freunde hat. Doch dabei stößt sie auf ernste Hindernisse, denn die AMP hat ihren Plan, Katsumi in ihr Team aufzunehmen, keineswegs aufgegeben. Ziellos läuft die junge Frau durch die Straßen Tokios, bis ihr schließlich eine andere Frau über den Weg läuft, deren Schicksal mit dem ihrigen auf seltsame Weise verbunden zu sein scheint. Beide haben eine Vergangenheit in dieser Stadt, die mit einer geheimnisvollen Brücke zusammenhängt - einer Brücke, die Katsumi in ihrem Traum gesehen hat.