In einer bestimmten Fantasiewelt hat der Konflikt zwischen den Elfen und den Honkai nie aufgehört. Da der Konflikt zwischen den beiden immer weiter eskaliert, nimmt die Stabilität der Fantasiewelt allmählich ab. Um diese Welt, die kurz vor dem Zusammenbruch steht, zu retten, hat die Menschheit eine Organisation gegründet, die sich der Verwaltung und Kontrolle der "Elfen" widmet. Um die dunkle Wahrheit zu vertuschen, gaben die Menschen der Organisation einen sehr niedlichen Namen - "Elfen Akademie".