Shirō ist der einzige Überlebende des großen Brandes vor zehn Jahren. Er wurde vom Magus Kiritsugu Emiya gerettet und adoptiert. Selbst nach dessen Ableben bleibt Shirō den Idealen seines Adoptivvaters treu und träumt davon, ein Kämpfer der Gerechtigkeit zu werden. Eines Tages verwickeln ihn seltsame Ereignisse in der Schule in einen tödlichen Kampf um den sogenannten Heiligen Gral – eine Reliquie, die jeden Wunsch wahr werden lässt …